初步处理

古田污水处理厂的初步处理主要是将污水进行筛分，去除污水中的大块物质以及悬浮物质。首先将污水引入格栅池，将污物分离出来，然后进入砂洗池，去除沉淀物和其他杂物。经过初步处理后，污水的质量得到了初步的提高。

生化处理

生化处理是古田污水处理的核心。将经过初步处理的污水引入好氧处理池，再引入好氧池、反硝化池和除磷池进行生化处理，以去除污水中的有机物、氨氮、总磷等有害物质。在这个过程中，把污水中的有机物质通过好氧菌代谢分解成较为稳定的无机物质，同时基本上去除了污水的悬浮物质、有机氮、部分磷。

二次处理

二次处理主要是通过物理和化学处理，对生化处理后的污水进行进一步的净化。具体地，将经过生化处理的污水引入厌氧处理池，通过季铵盐法、A2/O等处理方法，将污水中的氨氮、总磷等污染物进一步去除。经过二次处理后，污水的水质完全符合国家及局部的排放标准。